เดิมทีตำบลเกาะแก้วรวมอยู่กับตำบลรัษฎา ซึ่งเรียกว่า ตำบลเกาะแก้วรัษฎา เมื่อมีประชากรมากขึ้นเพื่อให้ง่ายในการปกครองจึงได้แยกตำบลเกาะแก้วรัษฎา ออกเป็น 2 ตำบล คือ ตำบลเกาะแก้ว และตำบลรัษฎา ตำบลเกาะแก้วสมัยก่อนเดินทางลำบากต้องข้ามคลองซึ่งชาวบ้านเรียกว่าคลองช้างหันหลัง หมายถึง คลองมีน้ำเชี่ยวมากและลึกช้างยังหันหลังกลับ และพื้นที่ของตำบลเป็นพื้นที่ที่อุดมสมบูรณ์ไปด้วยทรัพยากรธรรมชาติ อาหารทั้งในน้ำและบนบกจึงเรียกว่า ตำบลเกาะแก้ว
องค์การบริหารส่วนตำบลเกาะแก้ว มีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นหน่วยงานบริหารราชการส่วนท้องถิ่นที่จัดขึ้นตาม พระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ซึ่งกระทรวงมหาดไทยได้ประกาศ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2538